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En 1788, meurt le dernier abbé de Cerisy, Paul Albert de Luynes, cardinal archevêque de Sens et primât des Gaules.
La Révolution chasse les derniers moines en 1791. Ils n'étaient plus que sept alors alors que dans sa splendeur, l'Abbaye comptait plus de soixante moines. L'église et les bâtiments conventuels deviennent biens nationaux.
Quatre ans plus tard, la plupart des bâtiments monastiques est vendue à un artificier qui les démolit puis vend les pierres pour la construction de routes et de maisons; les terres également sont vendues. Par la suite, ce qui reste des bâtiments conventuels (dont la chapelle de l'Abbé) va être vendu à la ferme, ce qui permettra leur sauvegarde.
En 1811, l'église abbatiale connaît une nouvelle fois un acte de vandalisme irréparable. Jugeant sans doute l'église trop grande et surtout trop lourde d'entretien (le tonnerre venait de tomber sur la tour causant d'importants dégâts), et malgré l'opposition formelle du curé, le "conseil de fabrique" (groupe de clercs ou de laïcs chargé de l'administration financière d'une église), décide d'abattre les quatres premières travées romanes et la travée gothique ajoutée au XIIIè siècle, qui avaient déjà été ébranlées par un tremblement de terre en 1775, ainsi que le porche gothique. Les matériaux sont vendus pour payer les réparations nécessaires à la partie restante.